Будинок, в якому на даний час знаходиться Інститут Богословських Наук, походить з XVIII століття і нерозривно пов’язаний з історією самого міста та польської спільноти в цілому. В 1653 р. Богдан Хмельницький дуже розорив Городок. Замойські, які володіли містом у XVIII ст. приклали досить зусиль, щоби повернути йому колишній добробут. Вони переселяють в Городок селян з інших місцевостей Речі Посполитої, чим і пояснюється переважна більшість католиків в місті та його околицях.

Відновлюючи місто Замойські, в 1774 році для католицького ордену «сестер милосердя», які переїхали сюди з Житомира, збудували госпіталь. Першою настоятельницею  була сестра Софія Кіркорович (1766-1785), організаторка лікарні і закладу в Городку. Допомагала їй прокураторка с. Барбара Сокульська. Заслуговує на увагу також друга настоятелька с. Кристина Гадомська (1785-1818). Під час її каденції сестри відкрили школу для бідних дітей і пансіонат для дівчат із шляхетських родин. В монастирі постійно було 10 сестер, їхнім капеланом був о. Константин Домбковський. В обов’язки монахинь входив догляд за хворими, крім того, вони займались також виховною діяльністю. В будинку сестер проживали та здобували базову освіту молоді дівчата, навчаючись там української та польської мов, ручних робіт та гри на фортепіано. В 1833 році госпіталь і школа монахинь були закриті, а в 1842 році взагалі конфісковані. Монахині до 1866 року жили в приміщеннях францисканців, в тому ж році їх діяльність була остаточно припинена і, згідно розпорядження Вищого керівництва, сестри виїхали з міста. Села Новий Світ і Босівка були власністю ордену сестер  Милосердя

За Радянських часів будівля монастиря належала владі, в ній знаходились різноманітні державні установи. 

1998 р. у власність Католицької Церкви державою було передано приміщення колишнього монастиря і того ж року розпочалася реставрація будинку. Це приміщення призначили для розміщення в ньому майбутнього Інституту Богословських Наук. Сьогодні це реставрована архітектурна споруда, основу якої становлять два давні поверхи, а надбудову – третій, сучасний. Приміщення обладнане під навчальні аудиторії, кімнати для проживання та харчування студентів, бібліотеку та робочі кабінети. 

А з 27 травня 2005 року у нововідбудованому приміщенні проводиться навчання студентів Інституту Богословських Наук.